冷冻离心机清洁问题一直是广大用户头疼的问题，因为清洁关系关系到产品的维护，良好的清洁更是有效维护和延长机器使用寿命的主要原因，主电源指示灯不亮时，检查指示灯保险丝及室内配电板保险丝是否熔断，同时检查电源线是否接触良好，如保险丝断则应更换保险丝并保持电路畅通。、还应检查真空泵表及油压指示值，如油压过高而主机也不能启动，必须检查各油路是否堵塞，特别是节流小孔是否畅通，如不畅通应清洗使之畅通。轴承损坏或转动受阻，轴承内缺油或轴承内有污垢较多而引起摩擦阻力增大，电机达不到额定转速，应及时清洗或更换轴承。
　　冷冻离心机较长时间不使用或者维修时应将主电源插头取下。否则仪器会带电，特别是维修时易发生安全事故。冷冻离心机为了保护制冷压缩机，仪器断与通电间隔时间必须大于3分钟，否则损伤压缩机。转子不用时应从离心腔内取出，及时用中性洗涤液清洁擦干，防止化学腐蚀，存放在干燥通风处。不允许用非中性清洁剂擦洗转子，不允许用电热风吹（烘）干转子。冷冻离心机转子中心孔内应涂少许润滑脂保护。冷冻离心机转子使用时一定要确认设置的转子号正确无误。若转子号设置错误。会造成转子超速使用或达不到所需的离心效果。特别是超速使用可能发生转子炸裂的恶性事故，万万不可疏忽大意。
　　冷冻离心机所配离心管加入需分离的物质，分别插入离心头孔中。冷冻离心机是为了进一步研究生物化学、分离大量的物质、清洁冷冻离心机腔体和转头，并擦干腔内冷凝水、使用完后要打开门，直至腔内恢复常温、离心之前要平衡样品、离心之后要注意消毒和灭菌、必要时预冷转子，转头的维护和存放，注意保护底部的计数环。
　　冷冻离心机运转时使用制冷，由于空气的水分，在离心腔内结霜，停机后霜化为水。没有排水孔，离心腔中水愈积愈多。此时，用户应自行拆下转子，清理积水。在重新安装转子时，一定要装好，避免出事故。铝合金不能受腐蚀：冷冻离心机转子一般是用铝合金制造，当受腐蚀后强度降低，容易出事故。铝合金易受液体腐蚀，清洗后应用吹风机吹干，或倒置一段时间，确认干了才能使用。冷冻离心机有的血站进口冷冻离心机，6个铝杯里应有的6个塑料托没有。塑料托中应放血袋，避免直接放在铝杯里。注意试管有无裂纹。若试管(尤其是反复使用的试管)有裂纹，万万不可使用，否则在使用中试管破裂会引起转子旋转中失去平衡，可引发断轴等恶性事故。